Um diese Einsiedlerzelle herum entstanden Häuser, es wurde ein Kirchlein gebaut und damit war der Ort „Zell“ gegründet. Er wird urkundlich erstmals im Jahre 1195 n.Chr. erwähnt. Als Besitztum des Kloster Osterhofen findet man „Cell“ 1353 in den klösterlichen Grund- und Lehensbüchern erwähnt. Im Jahre 1429 erhielt Zell den Namen „Innernzell“ zur besseren Unterscheidung von Außernzell (Zell bei „Schellnach“).
Auf der ältesten bayerischen Landkarte des Johannes Aventinus ist der Ort 1523 als Iñera Zell eingetragen. 1578 brannte das gesamte Dorf einschließlich der Kirche ab. Um 1600 wurde eine weitläufige Pfarrei eingerichtet, die unter anderem auch Schöfweg betreute. Im Österreichischen Erbfolgekrieg plünderten 1742 ungarische Husaren das Dorf. Nach der Auflösung von Kloster Osterhofen hatte das Damenstift St. Anna (München)  Ende des 18. Jahrhunderts die Besitzungen des Klosters und damit auch Innernzell erworben. 1818 entstand die heutige politische Gemeinde, 1842 wurde eine neue Kirche erbaut. Heute zählt die idyllische ländliche Gemeinde ca. 1.600 Einwohner/-innen und gehört zur Verwaltungsgemeinschaft Schönberg. Neben der traditionellen Landwirtschaft zählen das Handwerk und das Gewerbe zu den wichtigsten Wirtschaftsmotoren. Eine Grundschule und ein Kindergarten gehören ebenso zum aktiven Gemeindeleben wie die zahlreichen Vereine.